La Princesa Mononoke es el relato de Ashitaka, un joven guerrero que al intentar salvar a su poblado de un javalí gigante, corrupto por el odio (como una especie de enfermedad), se lesiona el brazo de una forma extraña.
Por culpa de la lesión su brazo sufrirá una enfermedad que se le irá extendiendo a Ashitaka a lo largo de la película y que distorsionará su fuerza original haciendo de él un guerrero mucho más fuerte. No solo él se ve metido en problemas, ya que pronto se avecinará una guerra entre los habitantes del bosque y de la naturaleza contra el ser humano. Ashitaka deberá decidir lo conveniente, a quien ayudar y en que momento. En el bosque conocerá a una chica que es cridada entre unos lobos de la cual se enamorará. Deberá mostrar su valentía y hacer lo que le dicte el corazón.